Christine Blanken studierte Historische und Systematische Musikwissenschaften sowie Germanistik an den Universitäten Göttingen und Wien. 1999 wurde sie über das Thema „Franz Schuberts Oratorium Lazarus und das Wiener Oratorium zu Beginn des 19. Jahrhunderts“ promoviert. Seit 2005 ist sie am Bach-Archiv Leipzig tätig und übernahm im Oktober 2011 die Leitung des Referats Forschung II „Die Bach-Familie“. In dieser Funktion betreut sie die Ausgaben von Dokumenten und musikalischen Editionen sowie das Datenbank- und Digitalisierungsportal „Bach Digital“. Nebenamtlich ist sie seit 1990 als Kirchenmusikerin tätig.